全民所有制企业是由政府出资，依据《全民所有制企业法》设立的非公司制的经济组织；国有独资公司是依据《公司法》规定，由国家授权的投资机构或者国家授权的部门单独投资设立的国有独资的有限责任公司。二者的主要区别是：
1.涵义不同——全民所有制企业包括国有独资公司在内的一切形式的国有企业，例如：由不同国有企业共同出资组成的股权式国有企业；
2.法律依据不同——全民所有制企业遵循的是《全民所有制企业法》，国有独资遵循的是《公司法》；
3.治理结构不同——全民所有制企业实行的是厂长、经理负责制，由政府直接管理，国有独资公司实行董事会领导下的总经理负责制，由政府确定的国有资产管理部门直接管理；
4.管理关系不同——全民所有制企业实行政府任命制，国有独资公司实行董事会聘任制。
