发展农民专业合作社应当纠正一些认识上的偏差，必须正确把握以下几个问题。
一、必须正确把握农民专业合作社与行业协会的区别
首先，农民专业合作社是经济合作组织，不是行政事业管理组织。它是由农民自愿联合，经工商部门依法核准登记的“民办、民有、民营、民受益”独立市场法人主体，拥有生产经营自主权，不具有行政事业管理职能，也不受行政干预。它可以根据实际需要，聘请法律顾问和技术顾问，但没有必要聘请行政领导担任顾问。
其次，农民专业合作社是营利性经济组织，不是非营利性的行业协会。农民专业合作社对内服务，对外经营。行业协会是经业务主管部门审查同意成立的社团组织，对内自律和服务、对外代表行业。
其三，农民专业合作社可以依法增加新成员，不能发展“会员”。农民专业合作社成员以农民为主体，不受区域限制，可以增加新成员，并报工商部门备案或办理变更登记。行业协会的会员以生产、加工、购销等企事业单位为主体，依照章程可以发展新会员。
二、必须正确把握农民专业合作社与企业法人的区别
《农民专业合作社法》赋予农民专业合作社法人地位。在实际工作中，我们了解到有些农民群众把农民专业合作社看作是一种企业法人组织形态，其实，农民专业合作社与公司制企业法人有着较大的区别。
一是组成形式不同。农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。由五名以上成员设立，没有成员数量上限规定，农民成员比例不得低于百分之八十，成员入社自愿、退社自由。公司制的企业法人是由五十名以下具有独立财产权利的股东联合设立，没有股东数量下限规定，一个自然人股东或者一个法人股东也可设立有限责任公司。股东身份可以是不同人群。股东在公司成立后不能抽回出资，只能依法向其他人转让持有的股份。
二是出资形式不同。农民专业合作社设立登记没有注册资本最低限额规定，成员出资方式、出资数额由全体成员共同协商认定，无须由专业机构评估认定。公司制企业法人设立登记有注册资本最低限额规定，成员出资方式、出资数额必须经由专业机构评估认定。
三是分配方式不同。农民专业合作社是按成员与本社的交易量（额）比例分配盈余，公司的利润是按股东的出资比例进行分配。
四是服务方式不同。农民专业合作社主要通过为成员提供购销、加工、运输、储藏、技术、信息等方面的服务，使成员联合进入市场，形成聚合的规模经济，增强市场竞争力，增加成员收入。公司制企业法人不是要使公司为自己提供服务，而是通过所有权与经营权分离的模式，对外展开经营活动，创造利润并回报股东。
五是管理方式不同。农民专业合作社是实行民主管理的自治经济组织，成员地位平等，实行一人一票的基本表决权制度。公司制企业法人是按股东出资比例行使表决权，出资越多，表决权越大。
因此，《农民专业合作社法》突破了《民法通则》的局限性，创设了一整套有别于其他市场主体的法律制度，农民专业合作社是一种全新的市场主体，新的法人形式，是国家立法创新的成果。
三、必须正确把握农民专业合作社发展观念的认识问题
发展农民专业合作社，应当充分尊重农民意愿，遵循市场经济发展规律，通过宣传、培育、引导的方法，循序渐进的促进发展。排除在发展观念上的两个认识偏差。
一是排除发展农民专业合作社只是工商部门事情的认识偏差。《农民专业合作社法》第九条规定：县级以上各级人民政府应当组织农业行政主管部门和其他有关部门及有关组织，依照本法规定，依据各自职责，对农民专业合作社的建设和发展给予指导、扶持和服务。工商部门是农民专业合作社的登记主管机关，是责任部门之一，发展农民专业合作社不能靠工商部门单打一的抓发展，应当在地方党委、政府统一领导下，明确各职能部门工作职责及要求，做到各司其职，各负其责，依靠社会各方面的共同努力，形成政府挂帅，部门协作，社会有关方面参与，共同促发展的工作格局。
二是排除采取行政命令方式发展农民专业合作社的认识偏差。农民专业合作社是农民出于经济利益，自愿联合和进行市场运作的互助性经济组织。各级政府部门不能采取下达发展指标等行政命令的方式推进发展，一哄而上。应当通过多种形式，多种层次向广大农民群众宣传《农民专业合作社法》的内涵及相关规定，使农民群众充分认识到成立农民专业合作社的好处及作用，自觉、自愿、自发联合。各级政府部门按照“引导不干预、指导不代替”的原则积极加以引导，并根据各地农村经济发展的特点，有针对性的选择一批从事同类农产品生产经营的种（养）殖专业户予以重点帮扶，办好试点，引导其完善经营管理机制，规范生产经营行为。通过典型示范，加以推广。同时，在资金融通、经营场地、水电供应和农业项目开发以及税收优惠等方面给予扶持，成熟一个，发展一个，保护农民群众的合法权益。
